BASICからグラフィックを描かせる場合、グラフィックマクロコマンドを使うのですが、そのコマンド文字列をそのままZ8001に送り、Z8001が構文解析してDDAに演算・描画させるという流れのようです。メインCPUの6502(YM-2002)がユーザインタフェース、Z8001がメインCPU、DDAが今でいうGPU、といった関係ですね。
ちなみにZ8001のマクロ構文処理は甘かったらしく、誤ったマクロコマンドを送ると暴走したそうです（笑）。

グラフィックに関して、記事中に「資料によると、漢字などのフォントは拡大縮小回転しても綺麗に表示された、という記述がありますから、フォントデータはベクタデータとして持っていたように思えます。」とありますが、DDAボードが描画を担当していたということなので、ベクタデータで確定して良いのではないかと思います。
DDAはS/WかH/Wかの区別なく、BASICコマンドのLINEとかCIRCLEのアルゴリズムそのものですし。
となると、グラフィックボードのZ8001は何をしてたのかと言う疑問が沸くのですが（笑）